Salut !

De mon côté, j'ai monté un Nagios pour surveiller environ 45 machines pour 150 services. Le logiciel est de bonne qualité et  soutenu par une bonne communauté. Il fonctionne par le biais de plusieurs fichiers de conf a remplir très soigneusement. Il est très puissant permet de faire a peu près tout et n'importe quoi et surtout très modulaire puisqu'il fonctionne avec des plugins ou des modules écrit en perl ou bash le plus souvent. J'utilise ici essentiellement SNMP pour remonter les informations vu qu'on ne voulait pas installer de sondes spécifiques sur chaque client.
L'installation est pas compliqué sur du Linux, mais pas essayé sur du BSD mais je doute que ça se complique. Pour les bémols, la configuration est longue, ennuyeuse parfois hardu mais possible et faisable avec du RTFM.
Oreon aussi rajoute une couche d'éléments à Nagios et peut être sympa.

Pour Ntop, je l'avais essayé à l'époque et il bouffait pas mal de ressources. Il recueillait beaucoup d'informations mais plus au niveau du trafic réseau que sur la surveillance de services.
Sinon y'a aussi Cacti qui a l'air puissant...

Le mieux c'est de les tester un peu pour voir lequel te convient.